第三阶段：整顿发展阶段

以2001年8月13日教育部办公厅发出《关于加强现代远程教育招生工作管理的紧急通知》为标志，我国现代远程教育试点进入整顿发展阶段。一方面，此后又有一批高校得到教育部批准，加入网络教育的行列；但另一方面，教育部已经开始对“远程不远、网络不网、各自为战、重复建设、急功近利、忽视质量”的现象给予关注，出台若干措施进行整顿和完善。

• 2001年9月，教育部在新闻通气会上宣布对现代远程教育试点高校进行评估和质量大检查，对于不符合试点条件的，要视情况进行限期整改或取消。
• 2001年9月，浙江大学远程教育学院第一批毕业生从潘云鹤校长手中接过毕业证书，成为我国开展现代远程教育以来首批取得本科学历的毕业生。
• 2001年10月，教育部批准举办现代远程教育的高等院校达到45所。
• 2001年12月中旬，教育部现代远程教育标准化委员会在京召开国际研讨会，讨论标准的研究、制订、颁发工作。
• 2002年1月7日，教育部印发了《关于现代远程教育校外学习中心（点）建设和管理的原则意见》，再次规范现代远程教育的管理。
• 2002年4月底，教育部召开现代远程教育教学工作会议，讨论建立现代远程教育质量保证体系，全国67所高校分管领导和44所省级电大的校长出席了会议。
• 截至2002年6月，教育部批准举办现代远程教育的高等院校达到67所，在校学生达到100万人。
• 2002年7月9日，清华大学远程教育学院李朝晖等6名学生获得清华大学硕士学位。这是我国首批通过现代远程教育学习方式而获得最高学位的学生。
• 2003年3月29日，湖南大学网络学院广州财校教学点举行期末考试。为了逃避教育部和广东省教育厅检查组的检查，在校门口和考室走廊设置了两条“防线”，从而爆发集体考试作弊案。这是该院部分人员前几年办学违规操作结下的恶果。